кодировки в Notepad++

Поставьте в опциях для нового документа по умолчанию кодировку ANSI - это вполне подойдет для работы с текстовыми файлами которые затем должны будут "отдаваться" браузеру в нужной вам кодировке.

Ну, а чтобы у вас появилось меню для конвертации  KOI8_R to CP1251 и CP1251 to KOI8_R установите плагин  TextFX? см. ссылку [1] И на оф. сайте в списке плагинов есть.